O IBA é conduzido dentro das melhores práticas de governança, com uma estrutura composta pela assembleia, conselho gestor, conselho fiscal, diretoria executiva, auditoria interna e auditoria externa.

Fazem parte da Assembleia Geral todas as Associações Estaduais de produtores de Algodão, associadas do IBA.
O conselho gestor é composto por membros titulares eleitos pela Assembleia Geral do IBA e membros titulares indicados pela Câmara de Comércio Exterior – CAMEX.
Conselheiros eleitos pela Assembléia
| Titular Milton Garbugio ABRAPA | 1º Suplente Paulo Sérgio Aguiar ABRAPA | 2º Suplente Darci Agostinho Boff ABRAPA |
| Titular Alex Nobuyoshi Utida ABRAPA | 1º Suplente Thomas Derks ABRAPA | 2º Suplente Antônio Trento Scheffer ABRAPA |
| Titular Alessandra Zanotto Costa ABRAPA | 1º Suplente Júlio Busato ABRAPA | 2º Suplente Douglas Orth ABRAPA |
Conselheiros indicados pela CAMEX
| Titular Cecília Gonçalves Malaguti de Souza Prado MRE | Suplente Nelci Peres Caixeta MRE | ||
| Titular Carlos Ernesto Augustin MAPA | Suplente Luiz Cláudio Carmona MAPA | Suplente José Maria dos Anjos MAPA | Suplente Elisa Cardoso Batista (NR) MAPA |
| Titular Sérgio Roberto Knorr Velho MDIC | 1º Suplente Silvana Schimanski MDIC |
| Titular Daniel Bruxel ABRAPA | Suplente Arlindo Moura ABRAPA | |
| Titular André Guilherme Sucolotti ABRAPA | Suplente Carlos Alberto Moresco ABRAPA | |
| Titular Denilson Ribeiro Evangelista Ministério da Fazenda | Suplente Eric Lisboa Côdo Dias Ministério da Fazenda |
| Presidente Executivo Alexandre Pedro Schenkel | Diretor Admin./Financeiro Rodrigo Henderson Costa | Diretor Técnico Adilson Ferreira dos Santos |
| Empresa responsável Global Auditores Independentes |